BIROLO, Giovanni
BIROLO, Giovanni
SCIENZE MEDICHE
A deep-learning sequence-based method to predict protein stability changes upon genetic variations
2021-01-01 Pancotti C.; Benevenuta S.; Repetto V.; Birolo G.; Capriotti E.; Sanavia T.; Fariselli P.
ACDC-NN: a deep learning predictor of protein stability change upon mutation.
2021-01-01 Benevenuta S, Pancotti C, Fariselli P, Birolo G, SANAVIA T
ACE2 gene variants may underlie interindividual variability and susceptibility to COVID-19 in the Italian population
2020-01-01 Benetti E.; Tita R.; Spiga O.; Ciolfi A.; Birolo G.; Bruselles A.; Doddato G.; Giliberti A.; Marconi C.; Musacchia F.; Pippucci T.; Torella A.; Trezza A.; Valentino F.; Baldassarri M.; Brusco A.; Asselta R.; Bruttini M.; Furini S.; Seri M.; Nigro V.; Matullo G.; Tartaglia M.; Mari F.; Elisa F.; Chiara F.; Sergio D.; Susanna C.; Sara A.; Francesca F.; Montagnani F.; Di Sarno L.; Tommasi A.; Palmieri M.; Emiliozzi A.; Fabbiani M.; Rossetti B.; Zanelli G.; Bergantini L.; D'Alessandro M.; Cameli P.; Bennet D.; Anedda F.; Marcantonio S.; Scolletta S.; Franchi F.; Mazzei M.A.; Conticini E.; Cantarini L.; Frediani B.; Tacconi D.; Feri M.; Scala R.; Spargi G.; Corridi M.; Nencioni C.; Caldarelli G.P.; Spagnesi M.; Piacentini P.; Bandini M.; Desanctis E.; Canaccini A.; Spertilli C.; Donati A.; Guidelli L.; Croci L.; Verzuri A.; Anemoli V.; Ognibene A.; Vaghi M.; D'Arminio Monforte A.; Merlini E.; Mondelli M.U.; Mantovani S.; Ludovisi S.; Girardis M.; Venturelli S.; Sita M.; Cossarizza A.; Antinori A.; Vergori A.; Rusconi S.; Siano M.; Gabrieli A.; Riva A.; Francisci D.; Schiaroli E.; Scotton P.G.; Andretta F.; Panese S.; Scaggiante R.; Parisi S.G.; Castelli F.; Quiros-Roldan M.E.; Magro P.; Minardi C.; Castelli D.; Polesini I.; Della Monica M.; Piscopo C.; Capasso M.; Russo R.; Andolfo I.; Iolascon A.; Carella M.; Castori M.; Merla G.; Aucella F.; Raggi P.; Marciano C.; Perna R.; Bassetti M.; Di Biagio A.; Sanguinetti M.; Masucci L.; Gabbi C.; Valente S.; Guerrini S.; Meloni I.; Mencarelli M.A.; Rizzo C.L.; Bargagli E.; Mandala M.; Giorli A.; Salerni L.; Fiorentino G.; Zucchi P.; Parravicini P.; Menatti E.; Baratti S.; Trotta T.; Giannattasio F.; Coiro G.; Lena F.; Coviello D.A.; Mussini C.; Renieri A.; Pinto A.M.
Adipocyte-derived extracellular vesicles regulate survival and function of pancreatic β cells
2021-01-01 Gesmundo I.; Pardini B.; Gargantini E.; Gamba G.; Birolo G.; Fanciulli A.; Banfi D.; Congiusta N.; Favaro E.; Deregibus M.C.; Togliatto G.; Zocaro G.; Brizzi M.F.; Luque R.M.; Castano J.P.; Bocchiotti M.A.; Arolfo S.; Bruno S.; Nano R.; Morino M.; Piemonti L.; Ong H.; Matullo G.; Falcon-Perez J.M.; Ghigo E.; Camussi G.; Granata R.
An antisymmetric neural network to predict free energy changes in protein variants
2021-01-01 Benevenuta S.; Pancotti C.; Fariselli P.; Birolo G.; Sanavia T.
Analysis of italian BRCA1/2 pathogenic variants identifies a private spectrum in the population from the Bergamo Province in northern Italy
2021-01-01 Figlioli G.; De Nicolo A.; Catucci I.; Manoukian S.; Peissel B.; Azzollini J.; Beltrami B.; Bonanni B.; Calvello M.; Bondavalli D.; Pasini B.; Lutati F.V.; Ogliara P.; Zuradelli M.; Pensotti V.; De Vecchi G.; Volorio S.; Verderio P.; Pizzamiglio S.; Matullo G.; Aneli S.; Birolo G.; Zanardi F.; Tondini C.; Zambelli A.; Livraghi L.; Franchi M.; Radice P.; Peterlongo P.
BamToCov: An efficient toolkit for sequence coverage calculations
2022-01-01 Birolo G.; Telatin A.
Caucasian lean subjects with non-alcoholic fatty liver disease share long-term prognosis of non-lean: time for reappraisal of BMI-driven approach?
2022-01-01 Younes, Ramy; Govaere, Olivier; Petta, Salvatore; Miele, Luca; Tiniakos, Dina; Burt, Alastair; David, Ezio; Vecchio, Fabio Maria; Maggioni, Marco; Cabibi, Daniela; McLeod, Duncan; Pareja, Maria Jesus; Fracanzani, Anna Ludovica; Aller, Rocio; Rosso, Chiara; Ampuero, Javier; Gallego-Durán, Rocío; Armandi, Angelo; Caviglia, Gian Paolo; Zaki, Marco Y W; Liguori, Antonio; Francione, Paolo; Pennisi, Grazia; Grieco, Antonio; Birolo, Giovanni; Fariselli, Piero; Eslam, Mohammed; Valenti, Luca; George, Jacob; Romero-Gómez, Manuel; Anstee, Quentin Mark; Bugianesi, Elisabetta
Combined miRNA and SERS urine liquid biopsy for the point-of-care diagnosis and molecular stratification of bladder cancer
2022-01-01 Moisoiu T.; Dragomir M.P.; Iancu S.D.; Schallenberg S.; Birolo G.; Ferrero G.; Burghelea D.; Stefancu A.; Cozan R.G.; Licarete E.; Allione A.; Matullo G.; Iacob G.; Balint Z.; Badea R.I.; Naccarati A.; Horst D.; Pardini B.; Leopold N.; Elec F.
Dadaist2: A toolkit to automate and simplify statistical analysis and plotting of metabarcoding experiments
2021-01-01 Ansorge R.; Birolo G.; James S.A.; Telatin A.
DDGun: an untrained predictor of protein stability changes upon amino acid variants
2022-01-01 Montanucci L.; Capriotti E.; Birolo G.; Benevenuta S.; Pancotti C.; Lal D.; Fariselli P.
Deep learning methods to predict amyotrophic lateral sclerosis disease progression
2022-01-01 Pancotti C.; Birolo G.; Rollo C.; Sanavia T.; Di Camillo B.; Manera U.; Chio A.; Fariselli P.
Employing a systematic approach to biobanking and analyzing clinical and genetic data for advancing COVID-19 research
2021-01-01 Daga S.; Fallerini C.; Baldassarri M.; Fava F.; Valentino F.; Doddato G.; Benetti E.; Furini S.; Giliberti A.; Tita R.; Amitrano S.; Bruttini M.; Meloni I.; Pinto A.M.; Raimondi F.; Stella A.; Biscarini F.; Picchiotti N.; Gori M.; Pinoli P.; Ceri S.; Sanarico M.; Crawley F.P.; Birolo G.; Montagnani F.; Di Sarno L.; Tommasi A.; Palmieri M.; Croci S.; Emiliozzi A.; Fabbiani M.; Rossetti B.; Zanelli G.; Bergantini L.; D'Alessandro M.; Cameli P.; Bennet D.; Anedda F.; Marcantonio S.; Scolletta S.; Franchi F.; Mazzei M.A.; Guerrini S.; Conticini E.; Cantarini L.; Frediani B.; Tacconi D.; Spertilli C.; Feri M.; Donati A.; Scala R.; Guidelli L.; Spargi G.; Corridi M.; Nencioni C.; Croci L.; Caldarelli G.P.; Spagnesi M.; Piacentini P.; Bandini M.; Desanctis E.; Cappelli S.; Canaccini A.; Verzuri A.; Anemoli V.; Ognibene A.; Vaghi M.; D'Arminio Monforte A.; Merlini E.; Mondelli M.U.; Mantovani S.; Ludovisi S.; Girardis M.; Venturelli S.; Sita M.; Cossarizza A.; Antinori A.; Vergori A.; Rusconi S.; Siano M.; Gabrieli A.; Riva A.; Francisci D.; Schiaroli E.; Scotton P.G.; Andretta F.; Panese S.; Scaggiante R.; Gatti F.; Parisi S.G.; Castelli F.; Quiros-Roldan M.E.; Magro P.; Zanella I.; Della Monica M.; Piscopo C.; Capasso M.; Russo R.; Andolfo I.; Iolascon A.; Fiorentino G.; Carella M.; Castori M.; Merla G.; Aucella F.; Raggi P.; Marciano C.; Perna R.; Bassetti M.; Di Biagio A.; Sanguinetti M.; Masucci L.; Gabbi C.; Valente S.; Meloni I.; Mencarelli M.A.; Rizzo C.L.; Bargagli E.; Mandala M.; Giorli A.; Salerni L.; Zucchi P.; Parravicini P.; Menatti E.; Baratti S.; Trotta T.; Giannattasio F.; Coiro G.; Lena F.; Coviello D.A.; Mussini C.; Bosio G.; Mancarella S.; Tavecchia L.; Renieri A.; Mari F.; Frullanti E.
Extracellular vesicles derived from tumour cells as a trigger of energy crisis in the skeletal muscle
2022-01-01 Pin F.; Beltra M.; Garcia-Castillo L.; Pardini B.; Birolo G.; Matullo G.; Penna F.; Guttridge D.; Costelli P.
Functional and clinical implications of genetic structure in 1686 Italian exomes
2021-01-01 Birolo, Giovanni; Aneli, Serena; Di Gaetano, Cornelia; Cugliari, Giovanni; Russo, Alessia; Allione, Alessandra; Casalone, Elisabetta; Giorgio, Elisa; Paraboschi, Elvezia Maria; Ardissino, Diego; Duga, Stefano; Asselta, Rosanna; Matullo, Giuseppe
Genetic and epigenetic characterization of a discordant kmt2a/aff1-rearranged infant monozygotic twin pair
2021-01-01 Russo A.; Viberti C.; Mareschi K.; Casalone E.; Guarrera S.; Birolo G.; Cazzaniga G.; Corral L.; Trentin L.; Basso G.; Fagioli F.; Matullo G.
Identification of novel circulating microRNAs in advanced heart failure by next-generation sequencing
2021-01-01 Galluzzo A.; Gallo S.; Pardini B.; Birolo G.; Fariselli P.; Boretto P.; Vitacolonna A.; Peraldo-Neia C.; Spilinga M.; Volpe A.; Celentani D.; Pidello S.; Bonzano A.; Matullo G.; Giustetto C.; Bergerone S.; Crepaldi T.
Limitations and challenges in protein stability prediction upon genome variations: towards future applications in precision medicine
2020-01-01 Sanavia T.; Birolo G.; Montanucci L.; Turina P.; Capriotti E.; Fariselli P.
Long-Term Hepatocellular Carcinoma Development and Predictive Ability of Non-Invasive Scoring Systems in Patients with HCV-Related Cirrhosis Treated with Direct-Acting Antivirals
2022-01-01 Caviglia G.P.; Troshina G.; Santaniello U.; Rosati G.; Bombaci F.; Birolo G.; Nicolosi A.; Saracco G.M.; Ciancio A.
microRNA profiles in urine by next-generation sequencing can stratify bladder cancer subtypes
2018-01-01 Pardini Barbara, Cordero Francesca, Naccarati Alessio, Viberti Clara, Birolo Giovanni, Oderda Marco, Di Gaetano Cornelia, Arigoni Maddalena, Martina Federica, Calogero Raffaele, Sacerdote Carlotta, Gontero Paolo, Vineis Paolo, Matullo Giuseppe
| Titolo | Data di pubblicazione | Autore(i) | File |
|---|---|---|---|
| A deep-learning sequence-based method to predict protein stability changes upon genetic variations | 2021 | Pancotti C.; Benevenuta S.; Repetto V.; Birolo G.; Capriotti E.; Sanavia T.; Fariselli P. | |
| ACDC-NN: a deep learning predictor of protein stability change upon mutation. | 2021 | Benevenuta S, Pancotti C, Fariselli P, Birolo G, SANAVIA T | |
| ACE2 gene variants may underlie interindividual variability and susceptibility to COVID-19 in the Italian population | 2020 | Benetti E.; Tita R.; Spiga O.; Ciolfi A.; Birolo G.; Bruselles A.; Doddato G.; Giliberti A.; Marconi C.; Musacchia F.; Pippucci T.; Torella A.; Trezza A.; Valentino F.; Baldassarri M.; Brusco A.; Asselta R.; Bruttini M.; Furini S.; Seri M.; Nigro V.; Matullo G.; Tartaglia M.; Mari F.; Elisa F.; Chiara F.; Sergio D.; Susanna C.; Sara A.; Francesca F.; Montagnani F.; Di Sarno L.; Tommasi A.; Palmieri M.; Emiliozzi A.; Fabbiani M.; Rossetti B.; Zanelli G.; Bergantini L.; D'Alessandro M.; Cameli P.; Bennet D.; Anedda F.; Marcantonio S.; Scolletta S.; Franchi F.; Mazzei M.A.; Conticini E.; Cantarini L.; Frediani B.; Tacconi D.; Feri M.; Scala R.; Spargi G.; Corridi M.; Nencioni C.; Caldarelli G.P.; Spagnesi M.; Piacentini P.; Bandini M.; Desanctis E.; Canaccini A.; Spertilli C.; Donati A.; Guidelli L.; Croci L.; Verzuri A.; Anemoli V.; Ognibene A.; Vaghi M.; D'Arminio Monforte A.; Merlini E.; Mondelli M.U.; Mantovani S.; Ludovisi S.; Girardis M.; Venturelli S.; Sita M.; Cossarizza A.; Antinori A.; Vergori A.; Rusconi S.; Siano M.; Gabrieli A.; Riva A.; Francisci D.; Schiaroli E.; Scotton P.G.; Andretta F.; Panese S.; Scaggiante R.; Parisi S.G.; Castelli F.; Quiros-Roldan M.E.; Magro P.; Minardi C.; Castelli D.; Polesini I.; Della Monica M.; Piscopo C.; Capasso M.; Russo R.; Andolfo I.; Iolascon A.; Carella M.; Castori M.; Merla G.; Aucella F.; Raggi P.; Marciano C.; Perna R.; Bassetti M.; Di Biagio A.; Sanguinetti M.; Masucci L.; Gabbi C.; Valente S.; Guerrini S.; Meloni I.; Mencarelli M.A.; Rizzo C.L.; Bargagli E.; Mandala M.; Giorli A.; Salerni L.; Fiorentino G.; Zucchi P.; Parravicini P.; Menatti E.; Baratti S.; Trotta T.; Giannattasio F.; Coiro G.; Lena F.; Coviello D.A.; Mussini C.; Renieri A.; Pinto A.M. | |
| Adipocyte-derived extracellular vesicles regulate survival and function of pancreatic β cells | 2021 | Gesmundo I.; Pardini B.; Gargantini E.; Gamba G.; Birolo G.; Fanciulli A.; Banfi D.; Congiusta N.; Favaro E.; Deregibus M.C.; Togliatto G.; Zocaro G.; Brizzi M.F.; Luque R.M.; Castano J.P.; Bocchiotti M.A.; Arolfo S.; Bruno S.; Nano R.; Morino M.; Piemonti L.; Ong H.; Matullo G.; Falcon-Perez J.M.; Ghigo E.; Camussi G.; Granata R. | |
| An antisymmetric neural network to predict free energy changes in protein variants | 2021 | Benevenuta S.; Pancotti C.; Fariselli P.; Birolo G.; Sanavia T. | |
| Analysis of italian BRCA1/2 pathogenic variants identifies a private spectrum in the population from the Bergamo Province in northern Italy | 2021 | Figlioli G.; De Nicolo A.; Catucci I.; Manoukian S.; Peissel B.; Azzollini J.; Beltrami B.; Bonanni B.; Calvello M.; Bondavalli D.; Pasini B.; Lutati F.V.; Ogliara P.; Zuradelli M.; Pensotti V.; De Vecchi G.; Volorio S.; Verderio P.; Pizzamiglio S.; Matullo G.; Aneli S.; Birolo G.; Zanardi F.; Tondini C.; Zambelli A.; Livraghi L.; Franchi M.; Radice P.; Peterlongo P. | |
| BamToCov: An efficient toolkit for sequence coverage calculations | 2022 | Birolo G.; Telatin A. | |
| Caucasian lean subjects with non-alcoholic fatty liver disease share long-term prognosis of non-lean: time for reappraisal of BMI-driven approach? | 2022 | Younes, Ramy; Govaere, Olivier; Petta, Salvatore; Miele, Luca; Tiniakos, Dina; Burt, Alastair; David, Ezio; Vecchio, Fabio Maria; Maggioni, Marco; Cabibi, Daniela; McLeod, Duncan; Pareja, Maria Jesus; Fracanzani, Anna Ludovica; Aller, Rocio; Rosso, Chiara; Ampuero, Javier; Gallego-Durán, Rocío; Armandi, Angelo; Caviglia, Gian Paolo; Zaki, Marco Y W; Liguori, Antonio; Francione, Paolo; Pennisi, Grazia; Grieco, Antonio; Birolo, Giovanni; Fariselli, Piero; Eslam, Mohammed; Valenti, Luca; George, Jacob; Romero-Gómez, Manuel; Anstee, Quentin Mark; Bugianesi, Elisabetta | |
| Combined miRNA and SERS urine liquid biopsy for the point-of-care diagnosis and molecular stratification of bladder cancer | 2022 | Moisoiu T.; Dragomir M.P.; Iancu S.D.; Schallenberg S.; Birolo G.; Ferrero G.; Burghelea D.; Stefancu A.; Cozan R.G.; Licarete E.; Allione A.; Matullo G.; Iacob G.; Balint Z.; Badea R.I.; Naccarati A.; Horst D.; Pardini B.; Leopold N.; Elec F. | |
| Dadaist2: A toolkit to automate and simplify statistical analysis and plotting of metabarcoding experiments | 2021 | Ansorge R.; Birolo G.; James S.A.; Telatin A. | |
| DDGun: an untrained predictor of protein stability changes upon amino acid variants | 2022 | Montanucci L.; Capriotti E.; Birolo G.; Benevenuta S.; Pancotti C.; Lal D.; Fariselli P. | |
| Deep learning methods to predict amyotrophic lateral sclerosis disease progression | 2022 | Pancotti C.; Birolo G.; Rollo C.; Sanavia T.; Di Camillo B.; Manera U.; Chio A.; Fariselli P. | |
| Employing a systematic approach to biobanking and analyzing clinical and genetic data for advancing COVID-19 research | 2021 | Daga S.; Fallerini C.; Baldassarri M.; Fava F.; Valentino F.; Doddato G.; Benetti E.; Furini S.; Giliberti A.; Tita R.; Amitrano S.; Bruttini M.; Meloni I.; Pinto A.M.; Raimondi F.; Stella A.; Biscarini F.; Picchiotti N.; Gori M.; Pinoli P.; Ceri S.; Sanarico M.; Crawley F.P.; Birolo G.; Montagnani F.; Di Sarno L.; Tommasi A.; Palmieri M.; Croci S.; Emiliozzi A.; Fabbiani M.; Rossetti B.; Zanelli G.; Bergantini L.; D'Alessandro M.; Cameli P.; Bennet D.; Anedda F.; Marcantonio S.; Scolletta S.; Franchi F.; Mazzei M.A.; Guerrini S.; Conticini E.; Cantarini L.; Frediani B.; Tacconi D.; Spertilli C.; Feri M.; Donati A.; Scala R.; Guidelli L.; Spargi G.; Corridi M.; Nencioni C.; Croci L.; Caldarelli G.P.; Spagnesi M.; Piacentini P.; Bandini M.; Desanctis E.; Cappelli S.; Canaccini A.; Verzuri A.; Anemoli V.; Ognibene A.; Vaghi M.; D'Arminio Monforte A.; Merlini E.; Mondelli M.U.; Mantovani S.; Ludovisi S.; Girardis M.; Venturelli S.; Sita M.; Cossarizza A.; Antinori A.; Vergori A.; Rusconi S.; Siano M.; Gabrieli A.; Riva A.; Francisci D.; Schiaroli E.; Scotton P.G.; Andretta F.; Panese S.; Scaggiante R.; Gatti F.; Parisi S.G.; Castelli F.; Quiros-Roldan M.E.; Magro P.; Zanella I.; Della Monica M.; Piscopo C.; Capasso M.; Russo R.; Andolfo I.; Iolascon A.; Fiorentino G.; Carella M.; Castori M.; Merla G.; Aucella F.; Raggi P.; Marciano C.; Perna R.; Bassetti M.; Di Biagio A.; Sanguinetti M.; Masucci L.; Gabbi C.; Valente S.; Meloni I.; Mencarelli M.A.; Rizzo C.L.; Bargagli E.; Mandala M.; Giorli A.; Salerni L.; Zucchi P.; Parravicini P.; Menatti E.; Baratti S.; Trotta T.; Giannattasio F.; Coiro G.; Lena F.; Coviello D.A.; Mussini C.; Bosio G.; Mancarella S.; Tavecchia L.; Renieri A.; Mari F.; Frullanti E. | |
| Extracellular vesicles derived from tumour cells as a trigger of energy crisis in the skeletal muscle | 2022 | Pin F.; Beltra M.; Garcia-Castillo L.; Pardini B.; Birolo G.; Matullo G.; Penna F.; Guttridge D.; Costelli P. | |
| Functional and clinical implications of genetic structure in 1686 Italian exomes | 2021 | Birolo, Giovanni; Aneli, Serena; Di Gaetano, Cornelia; Cugliari, Giovanni; Russo, Alessia; Allione, Alessandra; Casalone, Elisabetta; Giorgio, Elisa; Paraboschi, Elvezia Maria; Ardissino, Diego; Duga, Stefano; Asselta, Rosanna; Matullo, Giuseppe | |
| Genetic and epigenetic characterization of a discordant kmt2a/aff1-rearranged infant monozygotic twin pair | 2021 | Russo A.; Viberti C.; Mareschi K.; Casalone E.; Guarrera S.; Birolo G.; Cazzaniga G.; Corral L.; Trentin L.; Basso G.; Fagioli F.; Matullo G. | |
| Identification of novel circulating microRNAs in advanced heart failure by next-generation sequencing | 2021 | Galluzzo A.; Gallo S.; Pardini B.; Birolo G.; Fariselli P.; Boretto P.; Vitacolonna A.; Peraldo-Neia C.; Spilinga M.; Volpe A.; Celentani D.; Pidello S.; Bonzano A.; Matullo G.; Giustetto C.; Bergerone S.; Crepaldi T. | |
| Limitations and challenges in protein stability prediction upon genome variations: towards future applications in precision medicine | 2020 | Sanavia T.; Birolo G.; Montanucci L.; Turina P.; Capriotti E.; Fariselli P. | |
| Long-Term Hepatocellular Carcinoma Development and Predictive Ability of Non-Invasive Scoring Systems in Patients with HCV-Related Cirrhosis Treated with Direct-Acting Antivirals | 2022 | Caviglia G.P.; Troshina G.; Santaniello U.; Rosati G.; Bombaci F.; Birolo G.; Nicolosi A.; Saracco G.M.; Ciancio A. | |
| microRNA profiles in urine by next-generation sequencing can stratify bladder cancer subtypes | 2018 | Pardini Barbara, Cordero Francesca, Naccarati Alessio, Viberti Clara, Birolo Giovanni, Oderda Marco, Di Gaetano Cornelia, Arigoni Maddalena, Martina Federica, Calogero Raffaele, Sacerdote Carlotta, Gontero Paolo, Vineis Paolo, Matullo Giuseppe |